Sau khi tùy viên quân sự Nhật ở Đức chứng kiến các cuộc thử nghiệm loại máy bay phản lực Messerschmitt Me 262 vào năm 1944, Hải quân Đế quốc Nhật Bản đã yêu cầu hãng Nakajima phát triển một loại máy bay tương tự nhằm sử dụng vào vai trò máy bay ném bom nhanh. Trong số các chỉ tiêu kỹ thuật cho việc thiết kế có các yêu cầu như máy bay có thể được chế tạo với số lượng lớn bằng những công nhân không có tay nghề cao, cánh có thể gập lại được. Với cánh có thể gập lại được giúp máy bay có thể được giấu trong các hang động và hầm ngầm trên khắp Nhật Bản do hải quân Nhật đã bắt đầu chuẩn bị để phòng thủ các hòn đảo. Kỹ sư thiết kế của Nakajima là Ohno Kazuo và Matsumura Kenichi đã đệ trình một loại máy bay có bề ngoài rất giống với Me 262.

Kikka (tên định danh thường gọi là Nakajima J9Y, theo một người phụ trách Bảo tàng Hàng không và Không gian Quốc gia thì tên gọi này không chính xác) được thiết kế ở dạng sơ bộ để sử dụng động cơ thermojet Tsu-11, một kiểu động cơ phản lực thô sơ ban đầu. Các thiết kế tiếp sau theo kế hoạch sẽ sử dụng động cơ phản lực luồng ly tâm Ne-10 (TR-10) và Ne-12, có thêm một máy nén khí dọc trục 4 tầng phía trước của Ne-10. Các thử nghiệm động cơ cho thấy động cơ không tạo đủ công suất cần thiết để đẩy máy bay, do đó đề án bị tạm thời đình trệ. Sau đó dự án lại được tiếp tục nhờ vào một loại động cơ phản lực luồng dọc trụ mới dựa trên động cơ BMW 003 của Đức.

Động cơ mới khi phát triển đã gặp một số phiền phức, nó chủ yếu được thiết kế dựa trên hình ảnh và bản vẽ giản lược, nhưng cuối cùng một sản phẩm hoàn chỉnh cũng được Nhật chế tạo, đó là động cơ Ishikawajima Ne-20. Mùa hè 1945, đề án Kikka lại tiến triển một lần nữa và ở lần này, đề án phản ánh tình hình xấu đi của cuộc chiến tranh đang đến hồi kết, Hải quân Nhật có thể sẽ xem xét sử dụng Kikka vào vai trò kamikaze dù rằng lúc đó đề án có vấn đề về chi phí cao và kỹ thuật phức tạp liên quan tới động cơ phản lực. Đồng tời, các đề án kinh tế hơn và đặc biệt thích hợp cho nhiệm vụ kamikaze như Nakajima Tōka (được thiết kế để sử dụng những động cơ lỗi thời của Nhật), Kawanishi Baika trang bị động cơ xung phản lực và Yokosuka Ohka nổi tiếng, đã và đang được sản xuất hàng loạt.

So với Me 262, khung thân của Kikka nhỏ hơn và có thiết kế truyền thống hơn, có cánh (chứ không phải cánh xuôi sau) và cánh đuôi thẳng. Bộ phận hạ cánh chính của Kikka được lấy từ A6M Zero và bánh mũi lấy từ bánh đuôi của loại máy bay ném bom Yokosuka P1Y.